血清：血清影響復合物的形成，降低轉染效率
陽離子脂質體和 DNA 的量在使用血清時會有所不同，因此想在轉染培養基中加入血清時要進行條件優化。大部分細胞可以在無血清培養基中幾個小時內保持健康，對于對血清缺乏比較敏感的細胞，可以使用 OPTI-MEM I 培養基。對于對血清缺乏比較敏感的貼壁細胞，建議使用 LIPOFECTAMINE 2000。
抗生素：
比如青霉素和鏈霉素，是影響轉染的培養基添加物。這些抗生素一般對于真核細胞無毒，但陽離子脂質體試劑增加了細胞的通透性，使抗生素可以進入細胞。這降低了細胞的活性，導致轉染效率低。
細胞代數：
轉染前細胞經過 1-2 次傳代保證細胞生長旺盛容易轉染，注意貼壁細胞一旦長滿就不好轉染。
細胞鋪板密度：
一般轉染時，貼壁細胞密度為 70%-90%，懸浮細胞密度為 2*10^6--4*10^6 細胞/ml 時效果較好。確保轉染時細胞沒有長滿或處于靜止期。鋪板細胞數目的增加可以增加轉染活性和細胞產量。
DNA質量：
DNA 質量對轉染效率影響非常大。一般的轉染技術基于電荷吸引原理，如果 DNA 不純，如帶少量的鹽離子，蛋白，代謝物污染都會顯著影響轉染復合物的有效形成和轉染的進行。
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